File:Intergen51.fc+12f1.png

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Description

Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes. L'étude des intercalaires cds..cds permet de les comparer aux intercalaires cds..RNA et RNA..RNA. Les diagrammes des fréquences des intercalaires cds..cds positifs continus de 1 à 400 pbs des génomes (titre en jaune) sont présentés ici regroupés en classes.

Les abscisses sont les fréquences unitaires (freq1) et les ordonnées les pour 1000 (‰) du total des intercalaires positifs continus du génome. Deux courbes de tendances sont représentées ici dont la principale, en rouge, est la moyenne glissante centrée de période 9. La 2ème courbe de tendance, en polynôme de d° 21, n'est représentée que par son coefficient de tendance R2. Y est ajouté le total des intercalaires (total). Voir le tableau de classement de ces diagrammes. J'ai caractérisé 8 formes sur l'ensemble des 51 génomes étudiés, colonne clasf:
- E pour forme en escalier et se divise en 2 sous-groupes, le 1er E11, a un rebond (lonf) court et le 2ème E21, un rebond long.
- M pour montagne et se caractérise par le nombre de sommets: C pour colline à un sommet, M2 à 2 sommets, M3 à 3, M4 à 4 et M5 à 5.
- P pour plateau et se caractérise par un plateau avec de petits sommets de 1 à 5.
Le calcul de l'intercalaire est fait méthodiquement sur le tableur calc de LibreOfiice.
+ Voir la construction de ces diagrammes dans la page de chaque génome xxx intergen51 où xxx est le code KEGG [1]. Cette page présente
- le gènome en détail dont le lien à la source des donnée NCBI,
- permet de retrouver les 2 colonnes du diagramme dans les données intercalaires 200.
+ Groupe de classes E1 représente ici 9 génomes dans l'ordre du paramètre lonf, de gauche à droite et de bas en haut.

   scc E11    ase E12    rru E13    ppm E14    cdc8 E15    cdc E16    eal E17    pmq E18    spl E19.

+ Voir la légende des diagrammes pour les nombres affichés
Date 27.03.24
Source Own work
Author Mekkiwik

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current11:32, 27 March 2024Thumbnail for version as of 11:32, 27 March 20241,723 × 987 (762 KB)Mekkiwik (talk | contribs)Passage d'une courbe de tendance en polynôme de d°3 à une courbe en moyenne glissante.
21:31, 29 November 2023Thumbnail for version as of 21:31, 29 November 20231,864 × 860 (796 KB)Mekkiwik (talk | contribs)mise à jour de abq aua rpm suite à des erreurs dans les fréquences
11:30, 7 November 2023Thumbnail for version as of 11:30, 7 November 20231,864 × 861 (788 KB)Mekkiwik (talk | contribs)changement du diagramme pub fc+52-200 en pub fc+25-200 pour le pramètre xm.
10:23, 23 June 2023Thumbnail for version as of 10:23, 23 June 20231,678 × 760 (669 KB)Mekkiwik (talk | contribs)recalcul de pub avec un nouveau xm donc du flexo
03:46, 31 May 2023Thumbnail for version as of 03:46, 31 May 20231,574 × 712 (556 KB)Mekkiwik (talk | contribs)Changement du calcul de sup et yc- en sup yf-, de y-yc à y-flexo
20:38, 8 April 2023Thumbnail for version as of 20:38, 8 April 20231,668 × 759 (586 KB)Mekkiwik (talk | contribs)Suite à une modification globale de ces diagrammes, je les publie ici regroupés avec de nouvelles caractéristiques.
20:16, 31 January 2022Thumbnail for version as of 20:16, 31 January 20221,361 × 784 (189 KB)Mekkiwik (talk | contribs)mise à jour sur les effectifs après le contrôle du 25.1.22. Normalistion des étiquettes.
19:55, 28 October 2021Thumbnail for version as of 19:55, 28 October 2021865 × 487 (110 KB)Mekkiwik (talk | contribs){{Information |Description=Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes. L'étude des intercalaires cds..cds permet de les comparer aux intercalaires cds..RNA et RNA..RNA. Les diagrammes des fréquences des intercalaires cds..cds positifs et continus de 1 à 40 pbs se sont révélés intéressants parce qu'ils présentent des courbes semblables. :Le [[v:fr:Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tR...

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