File:Binary BCF versus VCF format.png
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![File:Binary BCF versus VCF format.png](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/39/Binary_BCF_versus_VCF_format.png/800px-Binary_BCF_versus_VCF_format.png?20210217091110)
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Fichier d’origine (1 340 × 542 pixels, taille du fichier : 285 kio, type MIME : image/png)
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BCF is a faster binary representation of the VCF format, with BCFtools from the SAMtools suite designed for the reading and writing of these files.
Description
[modifier]DescriptionBinary BCF versus VCF format.png |
English: BCF, the binary representation of the VCF format, is much faster to process than VCF for two reasons. First, it avoids the expensive conversion from text to the internal binary representation. Second, the fields in BCF are rearranged to allow rapid access to specific value of any sample. This is achieved by storing values in blocks of the same type rather than per-sample, with offsets to blocks determined on the fly. |
Date | |
Source | HTSlib: C library for reading/writing high-throughput sequencing data, GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab007, (see the supplemental files, all published open access0. https://doi.org/10.1093/gigascience/giab007 and https://academic.oup.com/gigascience/article/10/2/giab007/6139334?searchresult=1 |
Auteur | James K Bonfield, John Marshall, Petr Danecek, Heng Li, Valeriu Ohan, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Robert M Davies |
Conditions d’utilisation
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Historique du fichier
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Date et heure | Vignette | Dimensions | Utilisateur | Commentaire | |
---|---|---|---|---|---|
actuel | 17 février 2021 à 09:11 | ![]() | 1 340 × 542 (285 kio) | Scotted400 (d | contributions) | Uploaded a work by James K Bonfield, John Marshall, Petr Danecek, Heng Li, Valeriu Ohan, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Robert M Davies from HTSlib: C library for reading/writing high-throughput sequencing data, GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab007, (see the supplemental files, all published open access0. https://doi.org/10.1093/gigascience/giab007 and https://academic.oup.com/gigascience/article/10/2/giab007/6139334?searchresult=1 with UploadWizard |
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Résolution horizontale | 56,69 pt/cm |
---|---|
Résolution verticale | 56,69 pt/cm |
Données structurées
Éléments décrits dans ce fichier
dépeint
17 février 2021
image/png
92c730610d04a6f2011e79d1a9526d9fe1824e7c
291 408 octet
542 pixel
1 340 pixel
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