File:Intergen51.t2.png

Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes.

+ Intergen51 est la compilation des intercalaires entre les gènes des clusters à RNA d'un génome bactérien ainsi qu'entre ces gènes et les CDS qui les bordent et ainsi que les autres CDS entre eux. Ne sont pas étudiés les intercalaires avec les gènes restant qui représentent 1.3% du total des 51 génomes de cette étude. Les diagrammes intergen51.t représentent la compilation, par type d'intercalaire, de ces 51 génomes. Au total j'ai calculé les longueurs de plus de 200 000 intercalaires.

+ Les intercalaires des clusters et surtout ceux des CDS les bordant sont comparés aux intercalaires CDS..CDS qui servent de référence. Entre 2 gènes l'intercalaire peut être positif ou négatif et/ou continu ou discontinu. Il est continu quand les 2 gènes sont sur un même brin (le brin ou son complément) et il est discontinu s'ils sont sur 2 brins différents. Ce qui donne pour simplifier les symboles c+ c_ x+ x_. Quand le signe, + ou _ est absent, il est considéré comme +. Entre 2 types de gènes j'ai comptabilisé séparément les 2 sens de l'intercalaire, type1..type2 et type2..type1. L'intercalaire considéré dans le diagramme est surligné en jaune et correspond à la série de donnés du diagramme. Les abscisses représentent le total de plusieurs fréquences successives (freq 1 10 20 30) et les ordonnées son effectif (effect).

+ Le calcul de l'intercalaire est fait suivant une méthode éprouvée sur le tableur calc de LibreOfiice à partir du fichier RefSeq sequence de la base de données de NCBI. Pour y accéder se connecter à la base de données des tRNAs gtrnadb [1], cliquer sur le génome désiré puis sur Genome Info de sa page. La page affichée est alors celle de Assembly de NCBI, du génome. En bas de cette page se trouve le lien au fichier RefSeq sequence.

+ Description du diagramme:

• compilation des 51 génomes
• concerne les intercalaiaires positifs continus et discontinus, CDS..CDS. Dans les 1ères études je cherchais une périodicité comme chez les négatifs continus et il s'est avéré intéressant par son maximum et son minimum contrairement à son homologue en discontinus.
• les fréquences vont de 1 à 40 par unité, freq 1.
• l'effectif total du diagramme est indiqué par diagr
• j'ai indiqué aussi le degré du polynome de la courbe de tendance ainsi que son coefficient de détermination R2. Ce degré de 12 est très élevé pour montrer que la courbe colle bien aux résultats.
• Voir la construction et l'analyse de ces diagrammes au chapitre des diagrammes du total des CDS..CDS et tRNA..CDS positifs.