File:Needleman-Wunsch pairwise sequence alignment.png

De Wikimedia Commons
Salta a la navegació Salta a la cerca

Needleman-Wunsch_pairwise_sequence_alignment.png ‎(480 × 480 píxels, mida del fitxer: 36 Ko, tipus MIME: image/png)

Llegendes

Llegendes

Afegeix una explicació d'una línia del que representa aquest fitxer

Resum

[modifica]
English: The score matrix for an alignment between two nucleotide sequences: 
Sequences    Best Alignments
---------    ----------------------
GCATGCG      GCATG-CG      GCA-TGCG      GCAT-GCG
GATTACA      G-ATTACA      G-ATTACA      G-ATTACA

The Needleman-Wunsch algorithm is a dynamic programming algorithm that finds the best possible alignments between two strings.

It takes three score parameters: match, mismatch, and gap.

Since it is a dynamic programming algorithm, the problem is solved by filling a two dimensional matrix. It requires O(nm) space and time where n and m are the lengths of the first and second string, respectively.

All best possible alignments are found by filling the matrix according to the defined score parameters.

Some optimizations of the algorithm avoid filling values distant from the diagonal, since those values are only needed for the poorest alignments.

Source code: https://gist.github.com/slowkow/508393
Descripció
English: The score matrix for an alignment between GATTACA and GCATGCU.
Data
Font Treball propi
Autor Slowkow

Llicència

[modifica]
Jo, el titular dels drets d'autor d'aquest treball, el public sota la següent llicència:
Creative Commons CC-Zero L'ús d'aquest fitxer és regulat sota les condicions de Creative Commons de CC0 1.0 lliurament al domini públic universal.
La persona que ha associat un treball amb aquest document ha dedicat l'obra domini públic, renunciant en tot el món a tots els seus drets de d'autor i a tots els drets legals relacionats que tenia en l'obra, en la mesura permesa per la llei. Podeu copiar, modificar, distribuir i modificar l'obra, fins i tot amb fins comercials, tot sense demanar permís.

Historial del fitxer

Cliqueu una data/hora per veure el fitxer tal com era aleshores.

Data/horaMiniaturaDimensionsUsuari/aComentari
actual20:36, 30 set 2021Miniatura per a la versió del 20:36, 30 set 2021480 × 480 (36 Ko)Goatsnstoats (discussió | contribucions)Changed last nucleotide to G to be consistent with actual DNA strings
23:35, 22 juny 2014Miniatura per a la versió del 23:35, 22 juny 2014480 × 480 (56 Ko)Slowkow (discussió | contribucions)Reverted to version as of 23:34, 22 June 2014
23:35, 22 juny 2014Miniatura per a la versió del 23:35, 22 juny 2014480 × 480 (50 Ko)Slowkow (discussió | contribucions)Reverted to version as of 23:33, 22 June 2014
23:34, 22 juny 2014Miniatura per a la versió del 23:34, 22 juny 2014480 × 480 (56 Ko)Slowkow (discussió | contribucions)
23:33, 22 juny 2014Miniatura per a la versió del 23:33, 22 juny 2014480 × 480 (50 Ko)Slowkow (discussió | contribucions)
02:04, 3 abr 2014Miniatura per a la versió del 02:04, 3 abr 2014480 × 480 (36 Ko)Slowkow (discussió | contribucions)User created page with UploadWizard

No podeu sobreescriure aquest fitxer.

La pàgina següent utilitza aquest fitxer:

Ús global del fitxer

Utilització d'aquest fitxer en altres wikis:

Metadades

Aquest fitxer conté informació addicional, probablement afegida per la càmera digital o l'escàner utilitzat per a crear-lo o digitalitzar-lo. Si s'ha modificat posteriorment, alguns detalls poden no reflectir les dades reals del fitxer modificat.

Obtingut de «https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File:Needleman-Wunsch_pairwise_sequence_alignment.png&oldid=594699515»