File:Dna-SNP.svg
پروندهٔ اصلی (پروندهٔ اسویجی، با ابعاد ۵۲۰ × ۳۳۳ پیکسل، اندازهٔ پرونده: ۱٫۱۵ مگابایت)
گزینهها
خلاصه
[ویرایش]توضیحDna-SNP.svg |
English: A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using OpenSCAD v2021.01 and Inkscape v1.0.2. |
تاریخ | |
منبع | اثر شخصی |
پدیدآور | David Eccles (Gringer) |
Construction process
[ویرایش]This file was derived from a 3D model of DNA, converted to SVG and coloured using David Eccles' STL2SVG script:
type=orig; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg type=mut; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg
The DNA models were then combined and annotated using Inkscape. The DNA backbone for the model is a pentagon extruded over a sine wave using David Eccles' guided path extrude script. The model source file (in OpenSCAD format) is shown below:
use <guided_extrude.scad>; hl = 100; // helix length hp = 33.2; // helix pitch [in angstroms] hr = 10; // helix radius [in angstroms] bbr = 1.5; // backbone radius loops = hl / hp; // random bases //bases = rands(0, 4, ceil(360 * loops / 34.3),1); // *GRINGENE* -- TAA GGN MGN ATH AAY GGN GAR AAY GAR TGA // -- TAA GGC AGG ATC AAC GGC GAG AAC GAG TGA // A = 0; G = 1; C = 2; T = 3 // [different from my usual order, // to simplify the 3D model logic] bases = [3,3,3, 1,1,2, 0,1,1, 0,3,2, 0,0,2, 1,1,2, 1,0,1, 0,0,2, 1,0,1, 3,1,0]; bAng = atan2(sin(120) - sin(0), cos(120) - cos(0)); drawMode = "all"; module lineTo(x1, x2){ hull(){ translate(x1) sphere(r=0.25, $fn=5); translate(x2) sphere(r=0.25, $fn=5); } } backbone_profile = [for(th = [0:72:359]) [bbr*cos(th), bbr*sin(th)*1]]; inc = floor($t * 30); thf = ($t * 30) - inc; h1limit = (360 * loops); h1jump = (360 * loops); helix_1 = [for(th = [(thf*34.3):(34.3/2):h1jump]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * th / (360 * loops)]]; helix_2 = [for(th = [120:(34.3/2):(360 * loops+120)]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * (th-120) / (360 * loops)]]; module purine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) // scale: average of C-C and C=C bond length scale(1.435) translate([-2,0]) rotate(12) rotate(18){ rotate(-30) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); color("blue") rotate(36) translate([-1 / (2*sin(36)),0]) circle(r=1 / (2*sin(36)), $fn=5); } } } module pyrimidine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) scale(1.435) translate([-2, 0]) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); } } $vpt = [0, 0, 0]; //$vpr = [310, 105, 10]; $vpr = [0, 0, 0]; rotate([310, 105, 130]) translate([0,0,-hl/2]) { if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_1); if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_2); for(thb = [inc:(360 * loops / 34.3 + inc)]) { thi = thb-inc; th = (thi-thf) * 34.3; thisBase = bases[floor(thb%30)]; doPur = (thisBase < 2); // base bond has a -1.2° angle; // not quite sure how to implement that baseFrac = (doPur ? 0.55 : 0.45); baseFInv = 1 - baseFrac; translate([0,0,hl * th / (360 * loops)]) rotate([-1.2,0,0]){ if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") lineTo([hr * cos(th)*(baseFrac-0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac+0.15), hr * sin(th)*(baseFrac-0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac+0.15)], [hr * cos(th+120), hr * sin(th+120)]); if(th < (h1jump)) if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") lineTo([hr * cos(th), hr * sin(th)], [hr * cos(th)*(baseFrac+0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac-0.15), hr * sin(th)*(baseFrac+0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac-0.15)]); if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 0) || (drawMode == "G" && thisBase == 1) || (drawMode == "C" && thisBase == 2) || (drawMode == "T" && thisBase == 3) ) color((thisBase < 1) ? "green" : (thisBase < 2) ? "gold" : (thisBase < 3) ? "blue" : "red") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(180 + bAng + th) if(doPur) { purine(); } else { pyrimidine(); }; if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 3) || (drawMode == "G" && thisBase == 2) || (drawMode == "C" && thisBase == 1) || (drawMode == "T" && thisBase == 0) ) if(th < (h1jump)) color((thisBase < 1) ? "red" : (thisBase < 2) ? "blue" : (thisBase < 3) ? "gold" : "green") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(bAng+th) if(doPur) { pyrimidine(); } else { purine(); }; } } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") { translate(helix_1[len(helix_1)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_1[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") { translate(helix_2[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_2[len(helix_2)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); } }
اجازهنامه
[ویرایش]اجازهٔ کپی، پخش و/یا تغییر این سند تحت شرایط مجوز مستندات آزاد گنو، نسخهٔ ۱٫۲ یا هر نسخهٔ بعدتری که توسط بنیاد نرمافزار آزاد منتشر شده؛ بدون بخشهای ناوردا (نامتغیر)، متون روی جلد، و متون پشت جلد، اعطا میشود. یک کپی از مجوز در بخشی تحت عنوان مجوز مستندات آزاد گنو ضمیمه شده است.http://www.gnu.org/copyleft/fdl.htmlGFDLGNU Free Documentation Licensetruetrue |
- شما اجازه دارید:
- برای به اشتراک گذاشتن – برای کپی، توزیع و انتقال اثر
- تلفیق کردن – برای انطباق اثر
- تحت شرایط زیر:
- انتساب – شما باید اعتبار مربوطه را به دست آورید، پیوندی به مجوز ارائه دهید و نشان دهید که آیا تغییرات ایجاد شدهاند یا خیر. شما ممکن است این کار را به هر روش منطقی انجام دهید، اما نه به هر شیوهای که پیشنهاد میکند که مجوزدهنده از شما یا استفادهتان حمایت کند.
تاریخچهٔ پرونده
روی تاریخ/زمانها کلیک کنید تا نسخهٔ مربوط به آن هنگام را ببینید.
تاریخ/زمان | بندانگشتی | ابعاد | کاربر | توضیح | |
---|---|---|---|---|---|
کنونی | ۸ مهٔ ۲۰۲۱، ساعت ۱۳:۰۷ | ۵۲۰ در ۳۳۳ (۱٫۱۵ مگابایت) | Gringer (بحث | مشارکتها) | Update to slightly more accurate 3D model, showing base rings | |
۱۷ دسامبر ۲۰۱۴، ساعت ۲۱:۵۰ | ۴۵۷ در ۲۹۸ (۲۵۱ کیلوبایت) | Gringer (بحث | مشارکتها) | Increase nominal size to something readable | ||
۱۷ دسامبر ۲۰۱۴، ساعت ۲۱:۴۶ | ۱۲۰ در ۸۰ (۲۴۴ کیلوبایت) | Gringer (بحث | مشارکتها) | Updated to 3D model, different DNA sequence | ||
۶ ژوئیهٔ ۲۰۰۷، ساعت ۰۱:۴۰ | ۴۱۶ در ۵۲۱ (۵۹ کیلوبایت) | Gringer (بحث | مشارکتها) | {{Information |Description=A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using Inkscape v0.45.1. [modified to remove long tails on DNA] |Source=self-made |Date=2007-07-06 |Author=David Hall (~~ | ||
۶ ژوئیهٔ ۲۰۰۷، ساعت ۰۰:۵۶ | ۴۷۱ در ۵۲۱ (۵۹ کیلوبایت) | Gringer (بحث | مشارکتها) | {{Information |Description=A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using Inkscape v0.45.1. |Source=self-made |Date=2007-07-06 |Author=David Hall (~~~) |other_versions= }} |
نمیتوانید این پرونده را رونویسی کنید.
کاربرد پرونده
صفحهٔ زیر از این تصویر استفاده میکند:
کاربرد سراسری پرونده
ویکیهای دیگر زیر از این پرونده استفاده میکنند:
- کاربرد در ar.wikipedia.org
- کاربرد در ast.wikipedia.org
- کاربرد در bs.wikipedia.org
- کاربرد در ca.wikipedia.org
- کاربرد در cs.wikipedia.org
- کاربرد در de.wikipedia.org
- کاربرد در el.wikipedia.org
- کاربرد در en.wikipedia.org
- Single-nucleotide polymorphism
- Haplotype
- Genealogical DNA test
- Human genetic variation
- Haplogroup I-M253
- User:Bci2
- Molecular models of DNA
- User:Bci2/Books/Wk2Book
- User:Bci2/Books/Wk3vol1
- User:Bci2/Books/Wk4
- Talk:Molecular models of DNA/Galleries
- Heather Dewey-Hagborg
- Evolution of the wolf
- Talk:DNA sequencing/Archive 1
- کاربرد در es.wikipedia.org
- کاربرد در et.wikipedia.org
- کاربرد در fa.wikipedia.org
- کاربرد در fi.wikipedia.org
- کاربرد در fr.wikipedia.org
- کاربرد در gl.wikipedia.org
- کاربرد در he.wikipedia.org
- کاربرد در hu.wikipedia.org
- کاربرد در it.wikipedia.org
- کاربرد در ja.wikipedia.org
- کاربرد در la.wikipedia.org
- کاربرد در mk.wikipedia.org
نمایش استفادههای سراسری از این پرونده.
فراداده
این پرونده حاوی اطلاعات اضافهای است که احتمالاً دوربین دیجیتال یا پویشگری که در ایجاد یا دیجیتالی کردن آن به کار رفته آن را افزوده است. اگر پرونده از وضعیت ابتداییاش تغییر داده شده باشد آنگاه ممکن است شرح و تفصیلات موجود اطلاعات تصویر را تماماً بازتاب ندهد.
عرض | 520 |
---|---|
طول | 332.93881 |